追記。うまくとれたよ！

　
カラーインデックスから色の実体が取れるよ！という
imagecolorsforindexなる関数が、ぐぐったら出てきたので
何も考えずに導入してみたが･･･

<?php
// mana 20081204

if(!isset($_FILES["img"])){
  print '
  
  <form enctype="multipart/form-data" action="#" method="POST">
  <input type="file" name="img">
  <input type="submit">
  </form>
  
  ';
} else {
  $imgpath = $_FILES["img"]["tmp_name"];
  $imgobj = imagecreatefromgif($imgpath);
  list($width, $height, $type, $attr) = getimagesize($imgpath);
  $color_arr_tmp = array();
  for($x=0; $x<$width; $x++){
    for($y=0; $y<$height; $y++){
      $colorid = imagecolorat($imgobj,$x,$y);
      $color1 = imagecolorsforindex($imgobj,$colorid);
      $color = sprintf("%2x%2x%2x",$color1["red"],$color1["green"],$color1["blue"]);
      $color_arr_tmp[$color] = 1;
    }
  }

  $ret = array();
  foreach($color_arr_tmp as $key => $value){
    $ret[] = $key;
  }

  // 出力
  foreach($ret as $val){
    print("<font color=".$val.">■</font>");
  }
}

うまくとれた☆
　
次の段階として、これで取れた色をいい感じにソートした後に、どれか一色を選べるインタフェースをジャバスクで作りたいなぁと思ってます。
ぶっちゃけ透過色指定をやりたいのです！